Der Bodega Harbor ist ein kleiner, flacher, natürlicher Hafen an der Pazifikküste im nördlichen Teil des US-Bundesstaates Kalifornien ungefähr 64 Kilometer nordwestlich von San Francisco. Der Hafen ist ungefähr fünf Quadratkilometer groß. Der Hafen liegt im Sonoma County an der östlichen Seite des Bodega Heads und wird vom Hauptteil der Bodega Bay im Süden durch eine schmale Landzunge beschützt. Das Dorf Bodega Bay liegt entlang der östlichen Seite des Hafens. Der Hafen wurde von einer Landsenke der San-Andreas-Verwerfung geformt.